NCBI上的query cover
来源:学生作业帮助网 编辑:作业帮 时间:2024/08/17 07:02:21
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正链和反链不就是互补的吗,为什么你还要测两条链?似乎没有必要把,只要测定一条链就OK了.把测出来的序列,粘贴到在NCBI上BLAST序列输入框中blast一下,得到比对的结果里头如果有完全配对的,看看
直接把你的基因blast基因组,基因3’UTR一般有个polyA的标志.另外,推荐使用UCSC(google之),和基因组相关的这个网站做的不错
1、打开NCBI的主页2、在Search后面的第一个框内选择Nucledite3、在第二个框内输入你所要寻找的菌株名称4、点击Go5、在结果中过滤你需要的基因6、打开该搜索结果即可在最底部看到基因序列
打开后在Search中选择Nucleotide再在下面输入FRAT1点击Search即可也可输入具体的物种名以缩小范围.
不是的.isolate后面指的是该序列来源的生物个体,说白了就是一个名字或者代号.比如从张三身上获得了一个基因,然后isolate后面就可以写zhangsan至于olrim175,完全是提交者自己凭个
1)输入fasta格式序列2)选择核算比对
什么跟什么说的太不清楚饿了只要你需要的那段序列是对的不就行了嘛跟引物序列有啥关系毕竟大部分的PCR引物设计都是在需要的序列两端隔一段距离而且如果你测序是拿PCR引物测的话那前面的几十个碱基都是测不准的
除非你的猪的品种很特别,一般查已知的克隆出来的猪的基因就行了,很保守的出现突变或差异的概率很小,如果是扩这段基因的话直接找一个就行,没多大差异,克隆出来了再去测序就知道不同品种间的差异了.
mRNA,completecds意即根据rna翻译的cDNA序列.没有内含子的
进行CDS分析,首先要有一段氨基酸序列(基因序列要转换成氨基酸序列),在NCBI首页上第二排链接里点BLAST,进入BLAST页面,在BLAST页面最下方的SpecializedBLAST里的第三个链
找到要的序列,然后最上面有一个“sendto”的下拉菜单,里面有TXT、File、Clipboard三个选项,一般选择以TXT保存或者File保存.
我预测蛋白质结构域都是在smart上预测的,是个在线的网站,基本还是蛮准的,另外还有许多网站提供在线预测,不过我只用过smart
进入NCBI的首页先选择你要的是全序列还是EST然后就输入你要的基因名最好是英文的.进行筛选就行了.不动可以再问很简单.
原理很简单后者是前者的子集.chromosome只包含所有已经测序的基因组数据.估计你的序列可能只是在高等生物中保守,所以才会出现选择chromosome数据库时相似数量下降非常多.在做BLAST的时
博凌科为-为你回答之前,提醒你注意一个问题,那就是先要搞清楚gene的大致概念.一般而言,一个完整gene是有起始密码子和终止密码信息的,还有各种已知的其他预示结构,所以1.不管哪个序列,你能找到起始
打开NCBI,数据库选择Nucleotide,用OMPA搜索就行了.再加上目的物种一起搜索就更好了
提取该物质总RNA做反转录获得cDNA后合成双链根据同源物种的该基因序列设计引物(简并引物)PCR扩增得到目的片段(可能会用到巢式PCR增加特异性)切胶回收纯化质粒载体连接转染筛选获得重组子测序得基因
序列标签位点sequence-taggedsite,是已知核苷酸序列的DNA片段,是基因组中任何单拷贝的短DNA序列,长度在100~500bp之间.任何DNA序列,只要知道它在基因组中的位置,都能被用
第二条结果.查找方式:选择GenomeProject,查找arabidopsisthaliana
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/在上述网址搜索栏搜关键词depression,即可搜出大量文章可供挑选附上两篇的题目ASustainedDepressiveSta